по пути типа C:\Users%username% в файле .gitconfig нужно:

добавить в конце:

[difftool "vsdiffmerge"]
     path = C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe
     cmd = \"C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe\" \"$LOCAL\" \"$REMOTE\"
[mergetool "vsdiffmerge"]
     path = C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe
     cmd = "\"C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe\" /m \"$REMOTE\" \"$LOCAL\" \"$BASE\" \"$MERGED\" "

только укажите правильный путь к visual studio

и в начале файле укажите чем вы будете

[merge]
     tool = vsdiffmerge
[diff]
     guitool = vsdiffmerge