по пути типа C:\Users%username% в файле .gitconfig нужно:
добавить в конце:
[difftool "vsdiffmerge"]
path = C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe
cmd = \"C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe\" \"$LOCAL\" \"$REMOTE\"
[mergetool "vsdiffmerge"]
path = C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe
cmd = "\"C:/Program Files (x86)/Microsoft Visual Studio 14.0/Common7/IDE/vsdiffmerge.exe\" /m \"$REMOTE\" \"$LOCAL\" \"$BASE\" \"$MERGED\" "
только укажите правильный путь к visual studio
и в начале файле укажите чем вы будете
[merge]
tool = vsdiffmerge
[diff]
guitool = vsdiffmerge