1. створити клас з хендлером
public class CustomHeaderHandler : DelegatingHandler
{
    protected override Task<HttpResponseMessage> SendAsync(HttpRequestMessage request, CancellationToken cancellationToken)
    {
        request.Headers.Remove("Server");

        request.Headers.Add("Server", "WDAPI Server 4"); 
        return base.SendAsync(request, cancellationToken);
    }
}
  1. добавить наш хендлер
HttpConfiguration config = new HttpConfiguration();
config.Routes.MapHttpRoute(
    name: "DefaultApi",
    routeTemplate: "api/{controller}/{action}/{id}",
    defaults: new { id = RouteParameter.Optional });
 
 
// ось так можна додавати Хендлер для обробки запитів на низькому рівні
config.MessageHandlers.Add(new CompressedRequestHandler());
config.MessageHandlers.Add(new GZipToJsonHandler());
config.MessageHandlers.Add(new CustomIHeaderHandler());
app.UseWebApi(config);

ссылки:

http://www.asp.net/web-api/overview/web-api-clients/httpclient-message-handlers

http://www.asp.net/web-api/overview/hosting-aspnet-web-api/self-host-a-web-api